Подразделение в Санкт-Петербурге является головным офисом «НеваТрансПроект» и было зарегистрировано в 2014 году. Штат сотрудников свыше 180 человек.

В подразделении действуют 12 производственных отделов, в их числе:

• Отдел капитального ремонта пути
• Отдел комплексного проектирования
• Отдел выпуска документации
• Сметный отдел
• Электротехнический отдел
• Отдел проектирования искусственных сооружений
• Производственно-аналитический отдел
• Договорной отдел
• Отдел службы технического заказчика
• Отдел комплексного проектирования промышленных и гражданских сооружений
• Отдел инженерных изысканий
• Служба главного инженера